Die beste PHP-Entwicklungsumgebung ist nicht fehlerfrei. ;o) Auch wen andere der Meinung sind es handle sich um keinen Fehler hier die Beschreibung und der Fix dazu.

Der Bug tritt auf wenn man unter Settings->Deployment->Options den automatischen Upload mit Strg+S eingestellt hat und wird so ausgelöst:

1. Man lädt eine Datei in einem Ordner herunter in dem sich noch andere Dateien befinden. Ändert diese Datei und löscht dann innerhalb von PhpStorm den lokalen Ordner. Jetzt lädt man diese Datei nochmals herunter, ändert wieder etwas und lädt die Datei (mit Strg+S) wieder auf den Server.
2. Man lädt eine Ordner mit mehreren Dateien herunter. Löscht einige der Dateien, ändert an einer anderen Datei etwas und lädt diese (mit Strg+S) wieder auf den Server.

Der Fix:

In Settings -> Appearance & Behavior -> Keymap
Rechts in das Suchfeld Upload eingeben.

Die Aktion Upload to Default Server mit einem rechten Mausklick auswählen, im Kontextmenü Add Keyboard Shortcut auswählen, in das Feld First Stroke klicken und auf die Tasten Strg+S drücken.
In der erscheinenden Abfrage auf Remove klicken.

Und nicht vergessen unter Deployment->Options den automatische Dateiupload zu deaktivieren.